司法实践中，经常会遇到有限责任公司的分公司是否有诉讼主体资格的问题，对此有两种意见：一种意见认为，依照《民事诉讼法》第48条和《民事诉讼法意见》第40条第(5)项的规定，领取营业执照的分公司可以独立参加诉讼;另一种意见认为，《公司法》第13条第1款规定：公司可以设立分公司，分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担，故分公司不能参加诉讼，只能由公司参加诉讼，享受权利承担义务。
在公司治理中，由于工作和业务的需要，经常会在注册地外设立分公司，分公司的法律性质定性为非法人，但是可以从事民事活动。《公司法》第14条规定，有限责任公司可以设立分公司，分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。《民事诉讼法》第48条、《最高人民法院》第40条第(5)项规定，法人依法设立并领取营业执照的分支机构可以作为独立的民事诉讼主体。《公司法》的规定和《民事诉讼法》的规定并不矛盾，《公司法》解决的是实体民事责任的最终承担问题，而《民事诉讼法》规定的是诉讼主体资格的问题。
有限责任公司的分公司依法设立，并领取营业执照，又有自己的财产，可以独立参加民事诉讼，以方便诉讼。当然，分公司参加诉讼，但是最终的民事权利义务实际上由有限责任公司享有和承担。
公司诉讼主体怎么确定?
一、股东权确权纠纷诉讼当事人的确定
1、如果股东与公司之间发生股东权争议的一般情况下，以股东及公司为诉讼主体，即要求确认其股东资格的股东为原告，公司为被告。如果股东之间、股东与公司以外的第三人之间就股东资格发生争议的，应列争议双方为诉讼主体，必要时可以将公司列为当事人参加诉讼。
2、在公司成立后拒绝交付出资证明或者股票，股东提起股票交付请求权诉讼时，应以公司为被告。
二、股权转让纠纷诉讼主体的确定
1、公司违反法律或者公司章程规定限制股东转让股权的，或者以股东会议决议强制转让股权的或者强行代转让方决定股权转让价格、付款时间或者其他条件的，认为股东权利受到侵犯的股东可以以公司为被告提起侵权之诉。