一、套取企业的资金如何处理吗？
责令改正，调整有关会计账目，追回违反规定使用、骗取的有关资金，给予警告，没收违法所得，并处被骗取有关资金10%以上50%以下的罚款。套取财政资金用于单位，以单位名义，虚报项目，骗取财政资金，应属单位行为，又因诈骗罪排除单位犯罪，所以该行为定性为以虚报、冒领手段骗取财政资金。
财政违法行为处罚处分条例第十四条，企业和个人有下列行为之一的，责令改正，调整有关会计账目，追回违反规定使用、骗取的有关资金，给予警告，没收违法所得，并处被骗取有关资金10%以上50%以下的罚款或者被违规使用有关资金10%以上30%以下的罚款；对直接负责的主管人员和其他直接责任人员处3000元以上5万元以下的罚款：
1、以虚报、冒领等手段骗取财政资金以及政府承贷或者担保的外国政府贷款、国际金融组织贷款；
2、挪用财政资金以及政府承贷或者担保的外国政府贷款、国际金融组织贷款；
3、从无偿使用的财政资金以及政府承贷或者担保的外国政府贷款、国际金融组织贷款中非法获益；
4、其他违反规定使用、骗取财政资金以及政府承贷或者担保的外国政府贷款、国际金融组织贷款的行为。
属于政府采购方面的违法行为，依照中华人民共和国政府采购法及有关法律、行政法规的规定处理、处罚。
二、套用公司资金罪谁起诉吗？
套用公司资金罪涉嫌挪用资金罪，挪用资金作为刑事犯罪，刑事指控必须通过检查院公诉，因为挪用公款的行为必须经过相关司法机关侦查后才可以决定是否向法院起诉的。
相关法律知识
《中华人民共和国刑法》
二百七十二条 【挪用资金罪；挪用公款罪】公司、企业或者其他单位的工作人员，利用职务上的便利，挪用本单位资金归个人使用或者借贷给他人，数额较大、超过三个月未还的，或者虽未超过三个月，但数额较大、进行营利活动的，或者进行非法活动的，处三年以下有期徒刑或者拘役；挪用本单位资金数额巨大的，或者数额较大不退还的，处三年以上十年以下有期徒刑。
三、套取资金多少以上会立案呢？
要根据套取资金涉嫌的具体罪名来确定。套取资金的行为一般会以贪污罪或者诈骗罪定罪处罚。贪污罪的立案标准是金额满五千元及以上的，而诈骗罪的立案金额则是三千元及以上。
刑法第二百六十六条：诈骗公私财物，数额较大的，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处或者单处罚金；数额巨大或者有其他严重情节的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金；数额特别巨大或者有其他特别严重情节的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处罚金或者没收财产。本法另有规定的，依照规定。