一、货运合同纠纷处理程序有哪些
(1)协商。协商是争议双方在自愿互谅的基础上，按照国家法律政策和合同规定，直接进行磋商，达成协议，以解决合同纠纷的方法，这是一种有效解决纠纷的方法。它有利于迅速平息争议，有利于问题的迅速解决。但是一般纠纷双方往往难以坐下来平心静气的解决问题，并且达成的协商协议只是一种新的合同，并无法律强制性。
(2)调解。调解是由第三者主持，合同纠纷的双方当事人参加，通过调解，达成某种协议，解决合同纠纷的方法。调解的程序是：由争议一方向相关部门提出调解申请书及相应的证明材料；相关部门进行审核，符合法律规定即可受理；调解主持人通过与双方交谈，弄清事实，核实证据，分清是非，判明责任，提出调解方案。经过调解，争议双方同意调解人提出的调解方案，由主持调解部门制作调解协议书。
(3)仲裁。仲裁是解决民事纠纷的一种较为理想的方式，具有专家裁处、自由、方便、灵活、快捷等特点，而且费用相对低廉。仲裁规则对纠纷双方都具有约束力，而且只要仲裁符合规则，该项仲裁就是终局性的。目前，我国对仲裁进行规范的法律是1995年的《仲裁法》。
纠纷双方在两种情况下，可以采取仲裁方式解决货运合同纠纷：第一，在订立的合同中已经选择了仲裁作为解决纠纷的方式；第二，在纠纷发生后一致同意采用仲裁方式来解决纠纷。
(4)诉讼。在货运合同纠纷发生以后，如果合同双方无法达成一致的解决方案，或双方未对纠纷的解决方法进行约定，则应该通过诉讼的方式来解决。由一方或双方向有管辖权的法院提起诉讼，然后由法院作出判决。一方或双方如果对一审判决不服，还可以进行上诉、申诉等。一般合同纠纷的管辖，由合同履行地或者被告住所在管辖，当事人对管辖另有约定的，从其约定。
二、货运合同纠纷起诉程序是怎样规定的
1、首先了解相关起诉的法律知识。一是通过一定的信息渠道，最好是向专业律师咨询，明确所遇到的问题通过诉讼能否解决，如果能通过诉讼解决，需要准备哪些相关的证据材料，自己或委托律师起诉或申请仲裁，在诉讼前应基本收集齐全证据材料，写好起诉书，准备证据清单及身份证复印件。向法院提起诉讼的，必须符合下列条件：
(1)原告是与本案有直接利害关系的公民，法人或其他组织；
(2)有明确的被告；
(3)有具体的诉讼请求和事实、理由；
(4)属于人民法院受理诉讼的范围和法院管辖。
向仲裁机构申请仲裁需事先约定解决争议的仲裁机构或发生纠纷后双方同意将争议提交仲裁机构的协议。