各级卫生厅(局)是各级医疗单位的行政主管部门,它不但确定各级各类医疗单位及医护人员的最低资格条件及在取得资格后必须遵守的规则和要求,而且在发生医疗纠纷后拥有调查、调解、裁决和处罚的权利。在行政管理法律关系中，卫生主管部门是行政主体，各级医疗单位是直接行政相对人，患者在医疗纠纷中是利害关系人，行政机关对医疗单位的行政管理必然会对其产生影响而使其成为间接相对人。
实践中，由于畏诉和对诉讼经济的考虑，患者及其家属在发生医疗纠纷后，往往先向卫生主管部门(我国目前医疗鉴定委员会设在其中的医政部门)投诉，要求调查和鉴定。经调查和鉴定后，根据医疗纠纷的性质及经济赔偿数额的大小，卫生行政部门可对医患双方的纠纷主持调解，如果调解失败，再转由司法机构依法处理。同时可依照《国务院医疗机构管理条例》和《执业医师法》给予医疗单位和直接责任人以相应的行政处罚和行政处分，它主要有：
1，财产罚。基于违法或违章行医而致的医疗纠纷，可给予医疗单位一定数额的罚款，或没收财产(如未达法定标准的、能严重影响病人安全和健康的医疗器械，各种假药劣药等)。