1.包庇、纵容黑社会性质组织罪是行为犯，要求行为人主观方面是故意;玩忽职守罪是结果犯，要求行为人主观方面是过失
两者的主要区别在于：
(1)犯罪客体不尽相同。包庇、纵容黑社会性质组织罪侵犯的客体为复杂客体，其中主要客体是正常的社会管理秩序，次要客体是国家机关的正常管理活动;而玩忽职守罪侵犯的是单一客体，即国家机关的正常管理活动。
(2)犯罪客观方面不同。一方面，包庇、纵容黑社会性质组织罪在客观方面表现为包庇黑社会性质的组织或者纵容黑社会性质组织进行违法犯罪活动的行为;而玩忽职守罪则表现为不履行或者不正确履行职务的玩忽职守的行为。另一方面，包庇、纵容黑社会性质组织罪为行为犯，只要行为人实施了包庇、纵容行为，即可构成犯罪;而玩忽职守罪是结果犯，即必须发生造成公共财产、国家和人民利益重大损失的危害结果才能成立犯罪。
(3)犯罪主观方面不同。包庇、纵容黑社会性质组织罪在主观方面是出于故意，而玩忽职守罪则出于过失。
(摘自：《刑法分则实务研究(第5版)(中册)》，王作富主编，中国方正出版社2013年出版，第1150页。)
2.包庇、纵容黑社会性质组织罪的“包庇”范围更广(可以是掩饰、帮助隐匿、毁灭证据、作假证明……)，犯罪主体特殊，行为人事先是否有通谋不影响该罪成立;包庇罪客观方面仅限于作假证明，犯罪主体一般，要求行为人事先无通谋
犯罪客体不同。包庇、纵容黑社会性质组织罪侵犯的客体是复杂客体，既包括正常的社会管理秩序，又包括国家机关的正常管理活动;而包庇罪侵犯的则是司法机关惩治犯罪的正常活动。
犯罪客观方面不同。包庇、纵容黑社会性质组织罪表现为包庇黑社会性质的组织，或者纵容黑社会性质的组织进行违法犯罪活动的行为;而包庇罪则表现为作假证明包庇犯罪人的行为。包庇、纵容黑社会性质组织罪的包庇可以是掩饰黑社会性质组织的存在、帮助其隐匿、毁灭违法犯罪证据的行为，也可以是做假证明和其他各种妨害国家机关查办、惩处、打击黑社会性质组织的行为。而包庇罪的包庇仅限于作假证明包庇犯罪人的行为。包庇、纵容黑社会性质组织罪包庇的对象仅限于黑社会性质的组织;而包庇罪包庇的对象则是各种犯罪组织和犯罪人。
犯罪主体不同。包庇、纵容黑社会性质组织罪为特殊主体，包庇罪为一般主体。
犯罪主观方面不同。不管行为人事先是否与黑社会性质组织存在共谋，都可成立包庇、纵容黑社会性质组织罪;而包庇罪的包庇行为必须与犯罪人事前无通谋，如果行为人与其所包庇的对象事前有通谋的，则应按其所包庇的对象的共犯论处。
(摘自：《刑法分则实务研究(第5版)(中册)》，王作富主编，中国方正出版社2013年出版，第1150页。)